MirGeneDB ID | Cte-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1991 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-10-P1 Cte-Mir-10-P2 Cte-Mir-10-P3 Cte-Mir-10-P4 Cte-Mir-10-P5 Cte-Mir-10-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cgi-Mir-10-P6 Efe-Mir-10-P6 Esc-Mir-10-P6 Lgi-Mir-10-P6 Npo-Mir-10-P6 Nve-Mir-10 Ovu-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_292: 57245-57305 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAACUGCUGACAAUCCUCGCCAUCAAUUCUUUACCCUGUUACAUUGUAGAAUGCUUGUUAUUCCUUUGUAUUCUCAAUGUACAAGGUAUUAAGAAUUGGAGGUUGAAUUACUUCCGGAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAACUGCUGACAAUCCUC AU --| C U U UUGUUA GCC CAAUUCUU UACC UGU ACAUUG AGAAUGC \ UGG GUUAAGAA AUGG ACA UGUAAC UCUUAUG U UGAAGGCCUUCAUUAAGU AG UU^ A - - UUUCCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cte-Mir-10-P6_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUACCCUGUUACAUUGUAGAAUGC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cte-Mir-10-P6_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUUCUCAAUGUACAAGGUAUUA -61
Get sequence
|