MirGeneDB ID | Mdo-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2a Ami-Mir-216-P2a Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2a Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2a Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2a Cmi-Mir-216-P2a Cpi-Mir-216-P2a Cpo-Mir-216-P2a Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2a Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2a Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2a2 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2a Gga-Mir-216-P2a Gja-Mir-216-P2a Gmo-Mir-216-P2a Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2a Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2a Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2a Mal-Mir-216-P2a Mml-Mir-216-P2a Mmu-Mir-216-P2a Oan-Mir-216-P2a Ocu-Mir-216-P2a Pbv-Mir-216-P2a Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 Rno-Mir-216-P2a Sha-Mir-216-P2a Spt-Mir-216-P2a Sto-Mir-216-P2a Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2a Tni-Mir-216-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
1: 638478427-638478488 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2a) |
Mir-216-P2b
1: 638493866-638493927 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-217 1: 638507653-638507711 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCAAGCUGAAUGUGAGUUGCAGACUGGGAAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGGUGUCGCUAUAGUUAUCACACAAUUACCCGUAGAGAUUCUGCAAUCUGACAUCAUGCAUCAGAUUUGUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCAAGCUGAAUGUGA---------| CUGGGAA A C A GUGUCGCU GUUGCAGA AUCUCUGC GG AA UGUG A UAACGUCU UAGAGAUG CC UU ACAC U UCGUGUUUAGACUACGUACUACAGUC^ ------- C A A ACUAUUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-216-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAUCUCUGCAGGCAAAUGUGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-216-P2a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAAUUACCCGUAGAGAUUCUG -62
Get sequence
|