MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1955 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-1955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Rno-Mir-1955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr2: 92191994-92192056 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGCUGUGAAAAGCUGGUUUACUUACUACAAGUCCCAGGAUGCACUGCAGCUUUUUCUUAACUUCAGAUAAGAGCAUUGCAUGCUGGGACAUGUAGUUGGUUUAAAUAGCACGGAGAACUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUGCUGUGAAAAGCUGGUUU--| U A G C AG UUUCUUA ACU ACUACA GUCCCAG AUGCA UGC CUU A UGG UGAUGU CAGGGUC UACGU ACG GAA C UUCUCAAGAGGCACGAUAAAUU^ U A G U A- UAGACUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-1955_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUCCCAGGAUGCACUGCAGCUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009426 TargetScanVert: mmu-miR-1955-5p miRDB: MIMAT0009426 |
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Star sequence | Mmu-Mir-1955_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- GAGCAUUGCAUGCUGGGACAUG -63
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-1955-3p miRDB: MIMAT0017348 |