MirGeneDB ID | Mmu-Mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-872 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-872 Ocu-Mir-872 Rno-Mir-872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Glires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Glires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr4: 94665167-94665227 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGGGGGUUGUGUAGAUGGUAACUUGUUAGAAGGUUACUUGUUAGUUCAGGACCUCAUUACUUUCUGCCUGAACUAUUGCAGUAGCCUCCUAACUGGUUAUCCCACCUCCAUUCUUGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGGGGGUUGUGUAGAU-- U A U --| ACCUCAU GGUAACU GUUAG AGGUUAC UGU UAGUUCAGG U CUAUUGG CAAUC UCCGAUG ACG AUCAAGUCC A CCCCGUUCUUACCUCCACC U C - UU^ GUCUUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-872_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGGUUACUUGUUAGUUCAGG -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004934 TargetScanVert: mmu-miR-872-5p miRDB: MIMAT0004934 |
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Star sequence | Mmu-Mir-872_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAACUAUUGCAGUAGCCUCCU -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004935 TargetScanVert: mmu-miR-872-3p miRDB: MIMAT0004935 |