MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1948 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUAGGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-1948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr18: 12714825-12714883 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACACAUUUAGGCAGAAUUCUCACCUUACUAUAUGAGUAUUCUGCCUAAAUGUGGUGUACGGAUACAUUUAGGCAGAGCACUCGUACAGUAAGGUGAGAAUCAGGAAAUCUGUAAUAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACACAUUUAGGCAGAA--| A A UGGUGU UUCUCACCUUACU UAUGAGU UUCUGCCUAAAUG \ AAGAGUGGAAUGA AUGCUCA GAGACGGAUUUAC A AAAUAAUGUCUAAAGGACU^ C C AUAGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-1948_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUAUGAGUAUUCUGCCUAAAUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-1948-5p miRDB: MIMAT0017344 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-1948_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUUAGGCAGAGCACUCGUACAG -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009415 TargetScanVert: mmu-miR-1948-3p miRDB: MIMAT0009415 |