MirGeneDB ID | Mmu-Mir-486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-486 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-486a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-486 Cfa-Mir-486 Cpo-Mir-486 Dno-Mir-486 Ete-Mir-486 Hsa-Mir-486 Mml-Mir-486 Mml-Mir-486-as Ocu-Mir-486 Rno-Mir-486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr8: 23142587-23142650 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAGCUCUGAUCUCGCCCUCCCUGAGGGGUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAGGUCCUUCACUGUGCUCAGCUCGGGGCAGCUCAGUACAGGAUGCGUCAGGGUGGGAGACAACGGGGAACAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAGCUCUGAUCUCGC--| U GGG GUCCUUCA CC CCCUGA GUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG C GG GGGACU UAGGACAUGACUCGACGGGGCUC U CGAACAAGGGGCAACAGAG^ U GCG GACUCGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-486 is palindromic. This orientation is 5'-3' with respect to the host gene, as well as rabbit and cow where the mature and star sequences differ. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-486_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003130 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003130 TargetScanVert: mmu-miR-486a-5p miRDB: MIMAT0003130 |
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Star sequence | Mmu-Mir-486_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CGGGGCAGCUCAGUACAGGAUG -64
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-486a-3p miRDB: MIMAT0017206 |