MirGeneDB ID | Cbr-Mir-36-o25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cbr-mir-42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cbr-Mir-36-o1 Cbr-Mir-36-o2 Cbr-Mir-36-o3 Cbr-Mir-36-o4 Cbr-Mir-36-o5 Cbr-Mir-36-o6 Cbr-Mir-36-o7a Cbr-Mir-36-o7b Cbr-Mir-36-o7c Cbr-Mir-36-o8a Cbr-Mir-36-o8b Cbr-Mir-36-o8c Cbr-Mir-36-o9 Cbr-Mir-36-o10 Cbr-Mir-36-o11 Cbr-Mir-36-o12 Cbr-Mir-36-o13 Cbr-Mir-36-o14 Cbr-Mir-36-o15 Cbr-Mir-36-o16 Cbr-Mir-36-o17 Cbr-Mir-36-o18 Cbr-Mir-36-o19 Cbr-Mir-36-o20 Cbr-Mir-36-o21 Cbr-Mir-36-o22 Cbr-Mir-36-o23 Cbr-Mir-36-o24 Cbr-Mir-36-o26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CB4) |
II: 8891373-8891435 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-o25) |
Mir-279-o7
II: 8891068-8891135 [-]
Ensembl
Mir-2-o4 II: 8891220-8891282 [-] Ensembl Mir-36-o25 II: 8891373-8891435 [-] Ensembl Mir-279-o8a II: 8900359-8900424 [-] Ensembl Mir-279-o8b II: 8903154-8903219 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUUCCACCUAUAACCCUUGUCGGACCUUUGUGGGUGUUCGCCUUUUCGGUGAAGUUACUGAAUGCUUCUUCACCGGGUUAACAUCUACAGAGGUCCUAAAGGGUUCCAUGACCCAUGACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUUCCACCUAUAACC---| GUC C UUUU UUACUG CUU GGACCUUUGUGGGUGUU GCC CGGUGAAG \ GAA CCUGGAGACAUCUACAA UGG GCCACUUC A CCCAGUACCCAGUACCUUGG^ AU- U ---- UUCGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cbr-Mir-36-o25_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUGGGUGUUCGCCUUUUCGGUGAAG -26
Get sequence
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Mature sequence | Cbr-Mir-36-o25_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCACCGGGUUAACAUCUACAGA -63
Get sequence
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