MirGeneDB ID | Cte-Mir-2-o38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-2-o36 Cte-Mir-2-o37 Cte-Mir-2-o39 Cte-Mir-2-o40 Cte-Mir-2-o41 Cte-Mir-2-o42 Cte-Mir-2-o43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_933: 10413-10471 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o38) |
Mir-71
CAPTEscaffold_933: 9934-9996 [+]
Ensembl
Mir-2-o36 CAPTEscaffold_933: 10045-10113 [+] Ensembl Mir-2-o37 CAPTEscaffold_933: 10173-10226 [+] Ensembl Mir-2-o38 CAPTEscaffold_933: 10413-10471 [+] Ensembl Mir-2-o39 CAPTEscaffold_933: 10541-10616 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUGUUUGUGUUUUUGGGUUUGAUCGGCCUAUCAAGGUGGCUGGGAUUUGGGUUUUUAUUGCCCCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUAAGUUGACUGACCUUCAGUGCGUCAUUCUUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUGUUUGUGUUUUUG---| UGA C - G U GGUUUU GGUU UCGGC UAUCAAGG UGGCUG GAU UG U CCAG AGUUG AUAGUUUC ACCGAC CUA AC A AGUUUCUUACUGCGUGACUU^ UC- A G A U CCCGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-2-o38_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUCAAGGUGGCUGGGAUUUG -21
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-2-o38_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUAAG -59
Get sequence
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