MirGeneDB ID | Cte-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Bge-Mir-317 Cgi-Mir-317-P1 Cgi-Mir-317-P2 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Dan-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Hme-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lgi-Mir-317 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ovu-Mir-317 Tca-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-317) |
Mir-34
CAPTEscaffold_114: 443343-443404 [-]
Ensembl
Mir-277-P2 CAPTEscaffold_114: 443745-443810 [-] Ensembl Mir-277-P1 CAPTEscaffold_114: 443887-443966 [-] Ensembl Mir-317 CAPTEscaffold_114: 444019-444076 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUCGGAAGGAGAAGCGUCGAGCGCAGGCAAGAGAUCACUGCGGUGCUCACAUGUAGCCACUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUUUCUUCGCUCUGACCUGCAACAUGUUCCGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACUCGGAAGGAGAAGCGUC-- C C -- -| G C UGUA GAGCG AGG AAGAGAU CACU GC GUG UCACA \ CUCGC UCU UUCUCUA GUGG CG CAC AGUGU G UAGCCUUGUACAACGUCCAGU U U UG U^ A A CACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-317_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAGAUCACUGCGGUGCUCACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-317_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUCUUU -58
Get sequence
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