MirGeneDB ID | Cte-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-87b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-87-P1 Cbr-Mir-87-o1 Cel-Mir-87-o1 Cgi-Mir-87-P1 Csc-Mir-87-P1k1 Csc-Mir-87-P1k2 Csc-Mir-87-P1l Isc-Mir-87-P1 Lan-Mir-87-P1 Lgi-Mir-87-P1 Lpo-Mir-87-P1c Lpo-Mir-87-P1d Lpo-Mir-87-P1e Lpo-Mir-87-P1f Lpo-Mir-87-P1g Lpo-Mir-87-P1h Lpo-Mir-87-P1i Lpo-Mir-87-P1j Tca-Mir-87-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P1) |
Mir-87-P2
CAPTEscaffold_222: 219067-219151 [-]
Ensembl
Mir-87-P1 CAPTEscaffold_222: 219605-219665 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAACGGUGGAGUGGAAUGUCGCGUGGUGGCGCCUGACACUUUGACUCAAACCUCUUUUCGUGAGUAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAUCUGCGCGACUGCAUUAUCAACUGCCUUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUAACGGUGGAGUGGAAU--| UG UG C A AA CUUUU GUCGCG G GCGCCUGA ACUUUG CUC ACCU C CAGCGC C UGUGGACU UGAAAC GAG UGGA G CUAUUCCGUCAACUAUUACGU^ GU UA U - -- UGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-87-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGCCUGACACUUUGACUCAAACCU -25
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-87-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGUAU -61
Get sequence
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