MirGeneDB ID | Hme-Mir-9-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-9-o1 Hme-Mir-9-o2 Hme-Mir-9-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-9-P3 Bfl-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Bta-Mir-9-P3 Cfa-Mir-9-P3 Cin-Mir-9 Cli-Mir-9-P3 Cpi-Mir-9-P3 Cpo-Mir-9-P3 Cte-Mir-9 Dno-Mir-9-P3 Dre-Mir-9-P3a Esc-Mir-9 Ete-Mir-9-P3 Gga-Mir-9-P3 Gja-Mir-9-P3 Gmo-Mir-9-P3a Gmo-Mir-9-P3b Hsa-Mir-9-P3 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lch-Mir-9-P3 Lgi-Mir-9 Loc-Mir-9-P3 Mal-Mir-9-P3a Mal-Mir-9-P3b Mdo-Mir-9-P3 Mml-Mir-9-P3 Mmu-Mir-9-P3 Mun-Mir-9-P3 Npo-Mir-9 Oan-Mir-9-P3-v1 Oan-Mir-9-P3-v2 Obi-Mir-9 Ocu-Mir-9-P3 Ovu-Mir-9 Pbv-Mir-9-P3 Pma-Mir-9-o3 Pmi-Mir-9 Rno-Mir-9-P3 Sha-Mir-9-P3 Spt-Mir-9-P3 Spu-Mir-9 Tgu-Mir-9-P3 Tni-Mir-9-P3a Tni-Mir-9-P3b Xbo-Mir-9 Xla-Mir-9-P3c Xla-Mir-9-P3d Xtr-Mir-9-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE669612: 9693-9752 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-o3) |
Mir-9-o3
HE669612: 9693-9752 [-]
Ensembl
Mir-306 HE669612: 9837-9892 [-] Ensembl Mir-9-o1 HE669612: 10319-10377 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUGACUCGACGCGACGCACGAUGCGACGCUUUGGCGAUUUAGCUCCAUGACGUUGCGUGUAUGCUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUCGCGUCGAUGCAAAUAUCAUCAGAAGACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGUGACUCGACGCGAC- -| C CG CC CGUUGC GCA CGAUGCGA GCUUUGG AUUUAGCU AUGA G CGU GCUGCGCU CGAAACC UAGAUCGA UACU U ACAGAAGACUACUAUAAA A^ A AU AA CGUAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hme-Mir-9-o3_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUUGGCGAUUUAGCUCCAUGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Hme-Mir-9-o3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0024987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUAAAGCUAGAUUACCAAAGCA -60
Get sequence
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