MirGeneDB ID | Lgi-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cel-Mir-277 Cgi-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Sme-Mir-277-P6a Sme-Mir-277-P6b Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_10: 1145805-1145865 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCAAAACACUUGAAAUGACCCUUGAACUCAGGUCCAGAUAUGCAUUUUACAUUGUUGUUUUUUGGUGUAAAUGCAUUUUCUGGUAUCUGAGGUUAACGGUAUGUAACUUCAAAACUAAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCAAAACACUUGAAAUG-- C A - U-| U UUGUUG ACC UUGA CUCAGGU CCAGA AUGCAUUU ACA U UGG AAUU GAGUCUA GGUCU UACGUAAA UGU U GAAAUCAAAACUUCAAUGUA C G U UU^ - GGUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lgi-Mir-277_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUCCAGAUAUGCAUUUUACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Lgi-Mir-277_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAAAUGCAUUUUCUGGUAUCUGA -61
Get sequence
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