MirGeneDB ID | Mml-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-let-7g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Let-7-P1b Mml-Let-7-P1c Mml-Let-7-P1d Mml-Let-7-P2a1 Mml-Let-7-P2a2 Mml-Let-7-P2a3 Mml-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b2 Mml-Let-7-P2b3 Mml-Let-7-P2c1 Mml-Let-7-P2c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2c3 Ami-Let-7-P2c3 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2c3 Cfa-Let-7-P2c3 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2c3 Cmi-Let-7-P2c3 Cpi-Let-7-P2c3 Cpo-Let-7-P2c3 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2c3 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2c3 Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2c3 Gga-Let-7-P2c3 Gja-Let-7-P2c3 Gmo-Let-7-P2c3 Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2c3 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2c3 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2c3 Mal-Let-7-P2c3 Mdo-Let-7-P2c3 Mmu-Let-7-P2c3 Mun-Let-7-P2c3 Npo-Let-7 Oan-Let-7-P2c3 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2c3 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2c3 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2c3 Sha-Let-7-P2c3 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2c3 Spu-Let-7 Sto-Let-7-P2c3 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2c3 Tni-Let-7-P2c3 Xbo-Let-7 Xla-Let-7-P2c3c Xla-Let-7-P2c3d Xtr-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr2: 89955759-89955836 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2c3) |
Mir-135-P1
chr2: 89922657-89922716 [+]
UCSC
Ensembl
Let-7-P2c3 chr2: 89955759-89955836 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCUCCGUUUCCUUUUGCCUGAUUCCAGGCUGAGGUAGUAGUUUGUACAGUUUGAGGGUCUAUGAUACCACCCGGUACAGGAGAUAACUGUACAGGCCACUGCCUUGCCAGGAACAGCGCGCCAGCUGCCAAGUGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCUCCGUUUCCUUUUGC---| A A U A UGAGGGUCUAUGAUAC CUG UUCC GGC GAGGUAGU GUUUGUACAGUU \ GAC AAGG CCG UUCCGUCA CGGACAUGUCAA C GGGGUGAACCGUCGACCGCGC^ - A - C UAGAGGACAUGGCCCA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mml-Let-7-P2c3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006157 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-let-7g-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mml-Let-7-P2c3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
57- CUGUACAGGCCACUGCCUUGC -78
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-let-7g-3p |