MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1306 Ami-Mir-1306 Bta-Mir-1306 Cfa-Mir-1306 Cli-Mir-1306 Cmi-Mir-1306 Cpi-Mir-1306 Cpo-Mir-1306 Dno-Mir-1306 Dre-Mir-1306 Ete-Mir-1306 Gga-Mir-1306 Gja-Mir-1306 Gmo-Mir-1306 Hsa-Mir-1306 Lch-Mir-1306 Loc-Mir-1306 Mal-Mir-1306 Mdo-Mir-1306 Mml-Mir-1306 Mun-Mir-1306 Oan-Mir-1306 Ocu-Mir-1306 Pbv-Mir-1306 Rno-Mir-1306 Sha-Mir-1306 Spt-Mir-1306 Sto-Mir-1306 Tgu-Mir-1306 Tni-Mir-1306 Xla-Mir-1306-P1a Xla-Mir-1306-P1b Xtr-Mir-1306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr16: 18284248-18284308 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1306) |
Mir-1306
chr16: 18284248-18284308 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-185 chr16: 18327405-18327459 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCCAAGUGCUGCCCCAUGAACAGUCUCCACCACCUCCCCUGCAAACGUCCAGUGAUGCAGAGGUAAUGGACGUUGGCUCUGGUGGUGAUGGACAGUCCGAACCUCCUGCCGACGACCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCCAAGUGCUGCCCCA---- A A C-| UCCCCU A GUGAUGC UG AC GUCU CACCACC GC AACGUCCA \ GC UG CAGG GUGGUGG CG UUGCAGGU A UACCCAGCAGCCGUCCUCCAA C A UA^ UCU--- G AAUGGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-1306 is an usual miRNA as it is derived from the 5'-most coding-exon of the DGCR8 gene. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-1306_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCACCUCCCCUGCAAACGUCCA -22
Get sequence
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Proposed targets |
miRDB: MIMAT0019136 |
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Star sequence | Mmu-Mir-1306_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GACGUUGGCUCUGGUGGUGAUG -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009411 TargetScanVert: mmu-miR-1306-3p miRDB: MIMAT0009411 |