MirGeneDB ID | Mmu-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-181c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2b Mmu-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr8: 84178885-84178945 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P2c
chr8: 84178720-84178781 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chr8: 84178885-84178945 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 chr8: 84208527-84208585 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 chr8: 84208685-84208747 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr8: 84208839-84208896 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUCCAAGAACUUGCCAAGGGUUUGGGGGAACAUUCAACCUGUCGGUGAGUUUGGGCAGCUCAGACAAACCAUCGACCGUUGAGUGGACCCCGAGGCCUGGAACUGCCACCCGUCUACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAUCCAAGAACUUGCCAA--| G AA CU A UGGGCAG GGGUUU GGGG CAUUCAAC GUCGGUG GUU \ UCCGGA CCCC GUGAGUUG CAGCUAC CAA C CCCAUCUGCCCACCGUCAAGG^ G AG C- - ACAGACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-181-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAACCUGUCGGUGAGUU -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000674 TargetScanVert: mmu-miR-181c-5p miRDB: MIMAT0000674 |
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Star sequence | Mmu-Mir-181-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACCAUCGACCGUUGAGUGGACC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-181c-3p miRDB: MIMAT0017068 |