MirGeneDB ID | Mmu-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-875 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUACCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-875 Ami-Mir-875 Bta-Mir-875 Cfa-Mir-875 Cli-Mir-875 Cpi-Mir-875 Ebu-Mir-875 Ete-Mir-875 Gja-Mir-875 Hsa-Mir-875 Mdo-Mir-875 Mml-Mir-875 Mun-Mir-875 Oan-Mir-875 Ocu-Mir-875 Pbv-Mir-875 Pma-Mir-875 Rno-Mir-875 Sha-Mir-875 Spt-Mir-875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr15: 35660981-35661037 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-875) |
Mir-599
chr15: 35660844-35660902 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-875 chr15: 35660981-35661037 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUUGGGGAAAUUCCCAGUUCUGUGGUACUAUACCUCAGUUUUAUCAGGUGUUCAUUAAAAUCACCUGAAAAUACUGAGGCUAUGUUUCACUGAGCAUAAGCUUCAUGGAUUCCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGUUUGGGGAAAUUCCCA--| U U U - U A UUCAU GUUC GUGG AC AUA CCUCAGU UU UCAGGUG \ CGAG CACU UG UAU GGAGUCA AA AGUCCAC U UUCCUUAGGUACUUCGAAUA^ U U - C U A UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-875_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUACCUCAGUUUUAUCAGGUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004937 TargetScanVert: mmu-miR-875-5p miRDB: MIMAT0004937 |
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Star sequence | Mmu-Mir-875_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCUGAAAAUACUGAGGCUAUGU -57
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004938 TargetScanVert: mmu-miR-875-3p miRDB: MIMAT0004938 |