MirGeneDB ID | Rno-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-1-P2 Rno-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P1 Ami-Mir-1-P1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P1 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P1 Cmi-Mir-1-P1 Cpi-Mir-1-P1 Cpo-Mir-1-P1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P1 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P1 Gga-Mir-1-P1 Gja-Mir-1-P1 Gmo-Mir-1-P1 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P1 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P1 Mal-Mir-1-P1 Mdo-Mir-1-P1 Mml-Mir-1-P1 Mmu-Mir-1-P1 Mun-Mir-1-P1 Oan-Mir-1-P1 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P1 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P1 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o1 Pmi-Mir-1 Sha-Mir-1-P1 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P1 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P1 Tni-Mir-1-P1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b Xtr-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr18: 2054945-2055005 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P1) |
Mir-133-P1-v1
chr18: 2052491-2052550 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-133-P1-v2 chr18: 2052491-2052550 [-] UCSC Ensembl Mir-1-P1 chr18: 2054945-2055005 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAAUCGGCACAAUAGUGCCUACUCAGAGCACAUACUUCUUUAUGUACCCAUAUGAACAUAGAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUGUGUAUUUUGGGUAGGUAAUGUCCGCCAAGAAGAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAAUCGGCACAAUAGU--| C AC UGAACA GCCUACUCAGAG ACAUACUUCUUUAUGU CCAUA U UGGAUGGGUUUU UGUGUGAAGAAAUGUA GGUAU A GAAGAAGAACCGCCUGUAA^ A A- CGUAAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-1-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0003162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUGUACCCAUA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003162 TargetScanVert: rno-miR-1-5p miRDB: MIMAT0003162 |
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Mature sequence | Rno-Mir-1-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUGUGUAU -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003125 TargetScanVert: rno-miR-1-3p miRDB: MIMAT0003125 |