MirGeneDB ID | Sme-Mir-36-P20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-36 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACCGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-36c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-36-P21 Sme-Mir-36-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-36 Cbr-Mir-36-o20 Cgi-Mir-36 Cte-Mir-36 Dma-Mir-36 Dpu-Mir-36 Isc-Mir-36 Npo-Mir-36 Tca-Mir-36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234307-7234370 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-36-P20) |
Mir-36-P20
NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234307-7234370 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-36-P21 NNSW01000019_dd_Smes_g4_19: 7234834-7234895 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAGAAUUUUGAAUUUCAACAUAAAUUAGCGAUGAUUGUCCAACUGGUUUGGUGUCGAGUUGAAAAAUGCAUCACCGGGUAGACAUUCAUUCUCUAAAUUUAUCGUCAAUCUCCUUUUAUAUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAAGAAUUUUGAAUUUCA - - C - U CAA U-| GUGUCGAG AC AUAAA UUAG G AUGA UGUC CUGGU UG U UG UAUUU AAUC C UACU ACAG GGCCA AC U GUUAUAUUUUCCUCUAAC C A U U U AUG CU^ GUAAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-36-P20_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGAUUGUCCAACUGGUUUG -21
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-36-P20_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCACCGGGUAGACAUUCAUUCUC -64
Get sequence
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