MirGeneDB ID | Tni-Mir-96-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-96-P1b Tni-Mir-96-P2a Tni-Mir-96-P2b Tni-Mir-96-P3a Tni-Mir-96-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Dre-Mir-96-P1a Efe-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Gmo-Mir-96-P1a Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mal-Mir-96-P1a Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
19: 3385392-3385455 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1a) |
Mir-96-P2a
19: 3385158-3385222 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1a 19: 3385392-3385455 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3a 19: 3385640-3385701 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGGCCCGGGCGCUCCUCUUCUUUGCCCAUUUUGGCACUAGCACAUUUUUGCUUCUGUAUAUAUACUUUGAGCAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAUAGGAGAAGACAGACUUUCACCUUUAGCCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGGCCCGGGCGCUCCU- -| UG C U G UU UCUGUAUA CU UCUU CC AU UUGGCACUA CACAU UUGCU \ GA AGAA GG UA AACCGUGAU GUGUA AACGA U UCCCGAUUUCCACUUUCA C^ GA A U - UU GUUUCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-96-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003092 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-96-P1a_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAU -64
Get sequence
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