MirGeneDB ID | Cin-Mir-126-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-126 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-126-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
1: 5485228-5485289 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-126-v1) |
Mir-126-v1
1: 5485228-5485289 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-126-v2 1: 5485228-5485289 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUAAAGUGCCGUAACUGGUUUUCGAUGCUGCCUUGUUACCUACGGUACCAGGUAGAAAGUAUGUCAUCUCGUACCGUGAGUAAUAAAGCAUUCUCGGGAGCUCAAUGCAACCGGUACUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUAAAGUGCCGUAACU--| UU UGC C C C UAGAAA GGUU CGA UGC UUGUUAC UACGGUAC AGG G UCGA GCU ACG AAUAAUG GUGCCAUG UCU U AUAUCAUGGCCAACGUAAC^ GG CUU A A C ACUGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-126-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0015258 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUGUUACCUACGGUACCAGG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-126-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UCGUACCGUGAGUAAUAAAGCAU -62
Get sequence
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