MirGeneDB ID | Cin-Mir-3598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-3598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
14: 3281620-3281678 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3598) |
Mir-3598
14: 3281620-3281678 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4034 14: 3281763-3281819 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCAAAGGAACCGCGUAGGUUUUGCUUUAUCACAGUGGUUAUAUACUGCCUGUGGUAUUUACGAACAUGCAGUAUAUCCAUCGUGCCAAUGCGAAACUACCUAUCAUCGUAAAAUCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAUCAAAGGAACCGCGUA--| UUUAU A UU C GGUAU GGUUUUGC CAC GUGG AUAUACUGC UGU \ UCAAAGCG GUG UACC UAUAUGACG ACA U AGCUAAAAUGCUACUAUCCA^ UAACC C -- U AGCAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-3598_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCACAGUGGUUAUAUACUGCCUGU -24
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-3598_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUGCAGUAUAUCCAUCGUGCCA -59
Get sequence
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