MirGeneDB ID | Cin-Mir-4014-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4014 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACAGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4014-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-4014-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
12: 3135786-3135842 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4014-P2) |
Mir-4014-P1
12: 3135494-3135548 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4014-P2 12: 3135786-3135842 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGGUCUAAAAAUCAGAGCGUUUAGUGUUUGCUACGCAGACUUUCUGUACUGUAAUUUGAAACAUUACAGAAAGCGUGUGUGUGCUAAAACUGCGCUUAUUAUCUUCUACGAACCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGGUCUAAAAAUCAGA----| UU GUUU - GA C UAAU GCGU AGU GC UACGCA CUUUCUGUA UG U CGCG UCA CG GUGUGU GAAAGACAU AC U GUCCAAGCAUCUUCUAUUAUU^ -- AAAU U GC U AAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4014-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUACGCAGACUUUCUGUACUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4014-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UUACAGAAAGCGUGUGUGUGCUA -57
Get sequence
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