MirGeneDB ID | Cin-Mir-4078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4078 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000174.1: 91084-91136 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4078) |
Mir-4078
HT000174.1: 91084-91136 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4060 HT000174.1: 91188-91245 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAAAGAAUUAACUCUGGCUUGGUGGAAAACCUUGUAGGAGUAAAGGGAAACGUUUACAGUUUCACUUUGCCACUGCAGGUCUUACCGCUGAAGCAAAAUCCACUGUGGUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAAAGAAUUAACUCUG- -| A AC GA G GUU GCUU GGUGG AA CUUGUAG GUAAAG GAAAC \ CGAA UCGCC UU GGACGUC CGUUUC CUUUG U ACUUGGUGUCACCUAAAA G^ A CU AC A ACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4078_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUUGUAGGAGUAAAGGGAAAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4078_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
31- UUCACUUUGCCACUGCAGGUCU -53
Get sequence
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