MirGeneDB ID | Dno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Mml-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH580665: 363522-363585 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
JH580665: 363522-363585 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 JH580665: 363522-363585 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUGCGCUCCUAGCGGCCCGCGGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG CUGCAAG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A CGGGGCGCCCGGCGAUCC GUCGC C GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dno-Mir-330-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dno-Mir-330-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
|