MirGeneDB ID | Mmu-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-296 Cfa-Mir-296 Cpo-Mir-296 Dno-Mir-296 Hsa-Mir-296 Mml-Mir-296 Rno-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr2: 174267058-174267113 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-296) |
Mir-296
chr2: 174267058-174267113 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-298 chr2: 174267511-174267575 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUGGAAGGUGACAAGAGGGCCUUUCUGGAGGGCCCCCCCUCAAUCCUGUUGUGCUCGCUUCAGAGGGUUGGGUGGAGGCUCUCCUGAAGGUGUCCGCAGAGCGUCGCAUGGUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUGUGGAAGGUGACAAGA- -| U C C GUUGUGC GGGC CUUUC GGAGGGCC CC CUCAAUCCU U CCUG GGAAG CCUCUCGG GG GGGUUGGGA C AAUGGUACGCUGCGAGACG U^ U A U GACUUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-296_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGCCCCCCCUCAAUCCUGU -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000374 TargetScanVert: mmu-miR-296-5p miRDB: MIMAT0000374 |
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Star sequence | Mmu-Mir-296_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGGGUUGGGUGGAGGCUCUCC -56
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004576 TargetScanVert: mmu-miR-296-3p miRDB: MIMAT0004576 |