MirGeneDB ID | Mmu-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-504 Cfa-Mir-504-v2 Cpo-Mir-504-v2 Dno-Mir-504-v2 Ete-Mir-504-v2 Hsa-Mir-504-v2 Mml-Mir-504-v2 Ocu-Mir-504-v2 Rno-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 59097669-59097725 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v2) |
Mir-504-v1
chrX: 59097668-59097726 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 chrX: 59097669-59097725 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGGAAUGUUGAAACUGCUCCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAAACUUACUGAAGGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACUAAUGGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGAAUGUUGAAACUG - - G A A-| UGUAA CUC CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC A GGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C AGGGUAAUCAUCGGACAC A U G A GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-504-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004889 miRDB: MIMAT0004889 |
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Star sequence | Mmu-Mir-504-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GGGAGAGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-504-3p miRDB: MIMAT0017277 |