| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-667 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Rno-Mir-667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 109720020-109720083 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-667) |
Mir-154-P7
chr12: 109709065-109709122 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P13 chr12: 109710190-109710245 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 chr12: 109710643-109710697 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v2 chr12: 109710644-109710696 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8 chr12: 109711806-109711862 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 chr12: 109712361-109712416 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v1 chr12: 109712523-109712578 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3a-v2 chr12: 109712523-109712578 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 chr12: 109712823-109712880 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4-o1 chr12: 109713503-109713562 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 chr12: 109715334-109715389 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v1 chr12: 109715715-109715771 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29-v2 chr12: 109715716-109715770 [+] UCSC Ensembl Mir-666 chr12: 109717103-109717163 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 chr12: 109717268-109717326 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 chr12: 109718757-109718816 [+] UCSC Ensembl Mir-667 chr12: 109720020-109720083 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 chr12: 109722733-109722790 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 chr12: 109723471-109723528 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 chr12: 109723787-109723844 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 chr12: 109724322-109724384 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 chr12: 109726829-109726891 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 chr12: 109727346-109727403 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 chr12: 109728136-109728197 [+] UCSC Ensembl Mir-544 chr12: 109729335-109729391 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 chr12: 109733781-109733838 [+] UCSC Ensembl Mir-134 chr12: 109734145-109734205 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P15 chr12: 109734910-109734968 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P1 chr12: 109738438-109738495 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v2 chr12: 109739132-109739187 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20-v1 chr12: 109739132-109739187 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6 chr12: 109740515-109740574 [+] UCSC Ensembl Mir-541 chr12: 109742422-109742487 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P36 chr12: 109743172-109743225 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 chr12: 109743303-109743358 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 chr12: 109743431-109743486 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 chr12: 109743729-109743784 [+] UCSC Ensembl Mir-3072 chr12: 109747893-109747949 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUCCCUUUCCAUCUAGUGGGUACUGGCCUCGGUGCUGGUGGAGCAGUGAGCACGCCAUACAUUAUAUCUGUGACACCUGCCACCCAGCCCAAGGCCCCUAGGCCCACAAACUUCUGGAGGGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUCCCUUUCCAUCUAGU ACU--| C U - AGCA AG CCAUAC GGGU GGCCU GG GCUGG UGG GUG CACG A CCCG CCGGA CC CGACC ACC CAC GUGU U AGGGGAGGUCUUCAAACA GAUCC^ A - C GUC- A- CUAUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-667_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUGCUGGUGGAGCAGUGAGCACG -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-667-5p miRDB: MIMAT0017239 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-667_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGACACCUGCCACCCAGCCCAAG -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003734 TargetScanVert: mmu-miR-667-3p miRDB: MIMAT0003734 |
