MirGeneDB ID | Pmi-Mir-31-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Bat starfish (Patiria miniata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pmi-mir-31-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pmi-Mir-31-P3 Pmi-Mir-31-P5a Pmi-Mir-31-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cgi-Mir-31 Cin-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dma-Mir-31 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Ebu-Mir-31 Efe-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Hme-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mun-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pfl-Mir-31 Rno-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. miniata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pmin1) |
JH770732.1: 21556-21616 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-31-P4) |
Mir-31-P3
JH770732.1: 21164-21227 [+]
Mir-31-P4 JH770732.1: 21556-21616 [+] Mir-31-P5a JH770732.1: 22547-22607 [+] Mir-31-P5b JH770732.1: 22547-22607 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAACAUGUUCAAAUUAGCGAGUGUAGAAAAGGCAAGAUGUUGGCAUAGCUGUUGUUGCCAAAAAACCAGCUGUACCUACAUAUUGCCAUUUGUCCACUUGCCCAAUCUUUGCAGUUGUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAACAUGUUCAAAUUA--| UAG A G U C UUGUUGC GCGAGUG AAA GGCAA AUGU GG AUAGCUG \ CGUUCAC UUU CCGUU UACA CC UGUCGAC C GCUGUUGACGUUUCUAACC^ CUG A A U A CAAAAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pmi-Mir-31-P4_5p |
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mirBase accession | MIMAT0032147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAAGAUGUUGGCAUAGCUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pmi-Mir-31-P4_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCUGUACCUACAUAUUGCCAUU -61
Get sequence
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