MirGeneDB ID | Xla-Mir-499-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-499 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-499-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-499 Ami-Mir-499 Bta-Mir-499 Cfa-Mir-499 Cli-Mir-499 Cpi-Mir-499 Cpo-Mir-499 Dno-Mir-499 Ebu-Mir-499 Ete-Mir-499 Gga-Mir-499 Gja-Mir-499 Hsa-Mir-499 Lch-Mir-499 Loc-Mir-499 Mdo-Mir-499 Mml-Mir-499 Mmu-Mir-499 Mun-Mir-499 Oan-Mir-499 Ocu-Mir-499 Pbv-Mir-499 Pma-Mir-499 Rno-Mir-499 Sha-Mir-499 Spt-Mir-499 Sto-Mir-499 Tgu-Mir-499 Xtr-Mir-499 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030740.1: 33360863-33360923 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAGCGUCUUCUAUAUGAGAGCGAGGCAGUUAAGACUUGCAGUGAUGUUUAGUUAAAAUCUUUUCAUGAACAUCACUUUAAGUCUGUACUGCUUCUCCCUCUUUUCCACUCGUCAAGGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGGAGCGUCUUCUAUAUG C--| UA C GUUAAAA AGAG GAGGCAGU AGACUUG AGUGAUGUUUA \ UCUC CUUCGUCA UCUGAAU UCACUACAAGU U UCGGAACUGCUCACCUUU CCU^ UG U ACUUUUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-499-P3_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAGACUUGCAGUGAUGUUUA -22
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-499-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AACAUCACUUUAAGUCUGUACU -61
Get sequence
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