MirGeneDB ID | Mml-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-424 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-15-P1a Mml-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2c Mml-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mdo-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v3 Mun-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 128518445-128518503 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
chrX: 128511991-128512048 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 128512154-128512210 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 128512325-128512381 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 chrX: 128513154-128513212 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 chrX: 128513155-128513211 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 128518112-128518174 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c chrX: 128518445-128518503 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUCCCCCUUCAUUGACUCCGAGGGGAUACAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAAGUGUUCUAAAUGGUUCAAAACGUGAGGCGCUGCUAUACCCCCUCGUGGGGAAGGUAGAAGGUGGGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUGUCCCCCUUCAUUGA- -| A C AA GUGUUC CUC CGAGGGG UA AGCAGC UUCAUGUUUUGAA \ GGG GCUCCCC AU UCGUCG GAGUGCAAAACUU U UGGGGUGGAAGAUGGAAG U^ C A CG GGUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mml-Mir-15-P1c_5p |
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mirBase accession | MIMAT0006323 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-424-5p |
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Star sequence | Mml-Mir-15-P1c_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAAAACGUGAGGCGCUGCUAUA -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-424-3p |