MirGeneDB ID | Cin-Mir-1502-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1502 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAACUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-1502d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-1502-P2 Cin-Mir-1502-P3 Cin-Mir-1502-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
3: 568849-568908 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1502-P1) |
Mir-1502-P1
3: 568849-568908 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4018-P1 3: 568964-569018 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P2 3: 569083-569140 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P3 3: 569197-569256 [+] UCSC Ensembl Mir-4018-P2 3: 569570-569648 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P4 3: 570975-571033 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACGUCGACGUGCCCUGCGACUAAAUUCAUGAACUUUCCCAGGAAUAAGUCUUUCUUUGUUAUGUCAGACUUACUCCCGGGAGUUCUCGCCUCUUGUCGUGCUCUCGCCACGUCAUAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUACGUCGACGUGCCCU--| UAAAUUCAU UU A A UUCUUU GCGAC GAAC UCCC GGA UAAGUCU G UGCUG CUUG AGGG CCU AUUCAGA U CGAUACUGCACCGCUCUCG^ UUCUCCGCU -- C C CUGUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-1502-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAACUUUCCCAGGAAUAAGUCU -23
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-1502-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUUACUCCCGGGAGUUCUCG -60
Get sequence
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