| MirGeneDB ID | Cin-Mir-4018-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4018 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-4018b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cin-Mir-4018-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
3: 569570-569648 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4018-P2) |
Mir-1502-P1
3: 568849-568908 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4018-P1 3: 568964-569018 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P2 3: 569083-569140 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P3 3: 569197-569256 [+] UCSC Ensembl Mir-4018-P2 3: 569570-569648 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P4 3: 570975-571033 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAUAGGCAACCGCUUGGCGUCGCUUUCGAGGAACAUUCUGUGGAACGGGCUGGUUUAAACCGGUCUGAUCCGGUAUUCGGGUUCCAGCUGUUUCACGGCGUUCCAAAAACACGACGACCGCACACAACAACAAAUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AAAAUAGGCAACCGCUU- -| CUUUCGA AUU G GUUUAAACCGGUCUG GG CGUCG GGAAC CUGUGGAACGG CUG A CC GCAGC CCUUG GGCACUUUGUC GAC U UAUAAACAACAACACACG A^ ACAAAAA C-- - CUUGGGCUUAUGGCC 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cin-Mir-4018-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0016530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAACAUUCUGUGGAACGGGCUG -24
Get sequence
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| Star sequence | Cin-Mir-4018-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
57- AGCUGUUUCACGGCGUUCCAAA -79
Get sequence
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