MirGeneDB ID | Dno-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xla-Mir-17-P4d3 Xla-Mir-17-P4d4 Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH567943: 108973-109034 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d) |
Mir-17-P1d
JH567943: 108748-108809 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d JH567943: 108973-109034 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d JH567943: 109177-109236 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCACAUCUUGGACCUUAGUCCUGGGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGUGUGAUUACCUGACCUACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGAGCCCCUGGGACACAACCGCUCUGCCAGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCACAUCUUGGACCUUA-- UG CA- -| U G UGUGAU GUCC GGGGCUC AAGUGCU GUUCG GCAG UAG U CAGG CCCCGAG UUCACGA CGAGU CGUC AUC A GUUGACCGUCUCGCCAACA GU CCC U^ - - CAGUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dno-Mir-17-P4d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Dno-Mir-17-P4d_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUGCUGAGCUAGCACUUCCCGA -62
Get sequence
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