MirGeneDB ID | Dno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P2 Cfa-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P2 Hsa-Mir-188-P2 Mml-Mir-188-P2 Mmu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P2 Rno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH569306: 1544821-1544879 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P2) |
Mir-188-P2
JH569306: 1544821-1544879 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 JH569306: 1545145-1545204 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v1 JH569306: 1548488-1548549 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v2 JH569306: 1548489-1548548 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 JH569306: 1549504-1549562 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 JH569306: 1550649-1550711 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 JH569306: 1556109-1556167 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAACCUCCUGACAUGCUUUCUCUCUUACAUGCCUUGAGUGUAGGACUGUGGGCAUCUUAAUUACCCUCCCACACCCAAGGCUUGCAGGAGAGAGAGCCUUCUCCUCCUCUCCAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAACCUCCUGACAU--| A U A A CU GGGCAU GCUUUCUCUCUU CA GCCUUG GUGU GGA GU \ CGAGAGAGAGGA GU CGGAAC CACA CCU CA C GUGACCUCUCCUCCUCUUC^ C U C C CC UUAAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dno-Mir-188-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGCCUUGAGUGUAGGACUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dno-Mir-188-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUCCCACACCCAAGGCUUGCA -59
Get sequence
|