MirGeneDB ID | Dno-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P3 Cfa-Mir-188-P3 Cpo-Mir-188-P3 Ete-Mir-188-P3 Hsa-Mir-188-P3 Mml-Mir-188-P3 Ocu-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P3) |
Mir-188-P2
JH569306: 1544821-1544879 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 JH569306: 1545145-1545204 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v1 JH569306: 1548488-1548549 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2-v2 JH569306: 1548489-1548548 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 JH569306: 1549504-1549562 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P5 JH569306: 1550649-1550711 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 JH569306: 1554037-1554096 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 JH569306: 1556109-1556167 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGCAGAAGAAUGAACUGCUCCUCCUCCCAUACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGUGAUUUCUCAAAAACACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACAGGAGGGUGAGCCUUGCCUUCAUGAGCCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGCAGAAGAAUGAACU-- C CAUAC-| U C U GAUUU GCUC UCCUCC CCAU GCAUAU GGAG UGU C CGAG GGGAGG GGUA CGUGUG CCUC ACA U CUUCCGAGUACUUCCGUUC U ACAUUA^ - U C AAAAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dno-Mir-188-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCAUUGCAUAUCGGAGUUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Dno-Mir-188-P3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUACA -60
Get sequence
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