MirGeneDB ID | Dya-Mir-281-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dya-mir-281-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dya-Mir-281-P1-v2 Dya-Mir-281-P2-v1 Dya-Mir-281-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cgi-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dan-Mir-281-P1-v1 Dan-Mir-281-P1-v2 Dma-Mir-281 Dme-Mir-281-P1-v1 Dme-Mir-281-P1-v2 Dmo-Mir-281-P1-v1 Dmo-Mir-281-P1-v2 Dpu-Mir-281 Dsi-Mir-281-P1-v1 Dsi-Mir-281-P1-v2 Ebu-Mir-281 Esc-Mir-281 Hme-Mir-281 Isc-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Sko-Mir-281 Sme-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 8893361-8893427 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-281-P1-v1) |
Mir-281-P1-v1
2R: 8893361-8893427 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-281-P1-v2 2R: 8893362-8893426 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGAAUCGAAUCCAUAUGCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGAAUUCAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGAUGCGCUAUGAGGCUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAAUCGAAUCCAUAUG---| AG A UG- C CCAGAAUUC CGAAUA UG AUAAAGAGAGC UCCGU GACAGU \ GCUUAU AU UGUUUCUCUCG AGGUA CUGUCA A AGUCGGAGUAUCGCGUAGCA^ A- A UUA - CUAUAAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dya-Mir-281-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dya-Mir-281-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGU -67
Get sequence
|