MirGeneDB ID | Ete-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-8-P1a Ete-Mir-8-P1b Ete-Mir-8-P2a Ete-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2b Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cpo-Mir-8-P2b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Mdo-Mir-8-P2b Mml-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2b Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2b Ovu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980323: 28885686-28885750 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUGGCGCCCCACUGGCCGGCUCUGGGCCCAUCUUCCAGCACAGUGUUGGGUGGUCUAACCGGGAAGCUCCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGGCUCCCGGGCUGGCACCCUCCACAGUGACCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUGGCGCCCCACUGG-- U C- --| C UGGUCUAA CCGGC CUGGG CCAUCUU CCAG ACAGUGUUGGG C GGUCG GGCCC GGUAGAA GGUC UGUCACAAUCC C UUCCAGUGACACCUCCCAC - UC AU^ - UCGAAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-8-P2b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUCCAGCACAGUGUUGGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-8-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGGC -65
Get sequence
|