MirGeneDB ID | Mmu-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr14: 115043684-115043743 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-17-P1a
chr14: 115043684-115043743 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a chr14: 115043867-115043931 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr14: 115044013-115044070 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr14: 115044183-115044241 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a chr14: 115044320-115044380 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a chr14: 115044437-115044497 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACUGAAGCUGUGACCAGUCAGAAUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUGUGUGCAUCUACUGCAGUGAGGGCACUUGUAGCAUUAUGCUGACAGCUGCCUCGGUGGGAGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GACUGAAGCUGUGACCA-- A CA-| UA G G UGAUG GUCAG AUAAUGU AAGUGCU CA UGCAG UAG U CAGUC UAUUACG UUCACGG GU ACGUC AUC G CCGAGGGUGGCUCCGUCGA G AUG^ GA G - UACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-17-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000649 TargetScanVert: mmu-miR-17-5p miRDB: MIMAT0000649 |
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Star sequence | Mmu-Mir-17-P1a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0000650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACUGCAGUGAGGGCACUUGUAGC -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000650 TargetScanVert: mmu-miR-17-3p miRDB: MIMAT0000650 |