MirGeneDB ID | Mmu-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-19b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xla-Mir-19-P2c3 Xla-Mir-19-P2c4 Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 52741991-52742056 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c) |
Mir-92-P2c
chrX: 52741697-52741761 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 52741853-52741913 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 52741991-52742056 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 52742121-52742181 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 52742341-52742403 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 52742505-52742563 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACAGCGCAAGGACAUUGCUACUUACGAUUAGUUUUGCAGAUUUGCAGUUCAGCGUAUAUGUGAAUAUAUGGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGAUUGUGGGAAUGUGUACCUUUCUGCAUCGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAGCGCAAGGACAUUGCUA-- --| GUU GUAUAUGU CUUACGAUUAGUUUUGCA GAUUUGCA CAGC \ GGGUGUUAGUCAAAACGU CUAAACGU GUCG G AUGCUACGUCUUUCCAUGUGUAA AC^ --- GUAUAUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-19-P2c_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCAGAUUUGCAGUUCAGC -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-19b-2-5p miRDB: MIMAT0017010 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-19-P2c_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000513 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -66
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000513 TargetScanVert: mmu-miR-19b-3p miRDB: MIMAT0000513 |