MirGeneDB ID | Mmu-Mir-190-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-190a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P1 Ami-Mir-190-P1 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P1 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P1 Cgi-Mir-190 Cli-Mir-190-P1 Cmi-Mir-190-P1 Cpi-Mir-190-P1 Cpo-Mir-190-P1 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P1 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P1b Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P1 Gga-Mir-190-P1 Gja-Mir-190-P1 Gmo-Mir-190-P1a Gmo-Mir-190-P1b Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P1 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P1 Loc-Mir-190-P1 Mal-Mir-190-P1a Mal-Mir-190-P1b Mdo-Mir-190-P1 Mml-Mir-190-P1 Mun-Mir-190-P1 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P1 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P1 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P1 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o1 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P1c Rno-Mir-190-P1d Sha-Mir-190-P1 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P1 Sto-Mir-190-P1 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P1 Tni-Mir-190-P1a Tni-Mir-190-P1b Xbo-Mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr9: 67236663-67236721 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUGGAUGCCUUUUCUGCAGGCCUCUGUGUGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUGUUAUUUAAUCCAACUAUAUAUCAAGCAUAUUCCUACAGUGUCUUGCCCUGUCUCCGGGGGUCCUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACCUGGAUGCCUUUUCU-- CCU U-| UA UUAU GCAGG CUGUG GAUAUGUUUGAUAUAU GGUUG U CGUUC GACAU UUAUACGAACUAUAUA UCAAC U AUCCUGGGGGCCUCUGUCC UGU CC^ -- CUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mmu-Mir-190-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0000220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUAUUAGGUUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000220 TargetScanVert: mmu-miR-190a-5p miRDB: MIMAT0000220 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mmu-Mir-190-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0016998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUAUAUAUCAAGCAUAUUCCUA -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-190a-3p miRDB: MIMAT0016998 |