| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-224 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-224 Cfa-Mir-224 Cja-Mir-224 Cpo-Mir-224 Eca-Mir-224 Ete-Mir-224 Hsa-Mir-224 Laf-Mir-224 Mml-Mir-224 Mmr-Mir-224 Mmu-Mir-224 Pab-Mir-224 Rno-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0033: 727743-727810 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-224) |
Mir-452-v1
chrUn0033: 726712-726772 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v2 chrUn0033: 726715-726771 [+] UCSC Ensembl Mir-224 chrUn0033: 727743-727810 [+] UCSC Ensembl Mir-12093 chrUn0033: 727960-728017 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCAGACGAGACAAGGCCUAGGGGCUUUCAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAGUAGAUGGUUUACAUUUCUUCAAAAUGGUGCCCUAGUGACUACAAAGCCCCAGAGCCAGCAUCAUCACGGAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGCAGACGAGACAAG-- -| A CA U U AGUAGAUGGUU GC CU GGGGCUUU AGUCACUAG GGU CCGUUU \ CG GA CCCCGAAA UCAGUGAUC CCG GGUAAA U ACGAAGGCACUACUACGAC A^ - CA - U ACUUCUUUACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-224_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-224_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- AAAUGGUGCCCUAGUGACUACAA -68
Get sequence
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