MirGeneDB ID | Cin-Mir-92-o75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-92-o69 Cin-Mir-92-o70 Cin-Mir-92-o71 Cin-Mir-92-o72 Cin-Mir-92-o73 Cin-Mir-92-o74 Cin-Mir-92-o76 Cin-Mir-92-o77 Cin-Mir-92-o78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000037.1: 5191-5250 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o75) |
Mir-92-o78
HT000037.1: 4884-4935 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-o77 HT000037.1: 4978-5031 [-] UCSC Ensembl Mir-92-o76 HT000037.1: 5092-5146 [-] UCSC Ensembl Mir-92-o75 HT000037.1: 5191-5250 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUACUAAAUUUAAAAGUACAGUUGGUGUUCAGUGCUAUUCAUGUGCAAGAGUUAAUACAGCCGUGCUAUUGCACAUUGGAAUGGUACUUACCACCAUGUACACAUGCUACAUAUAAUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUACUAAAUUUAAAAGU----| GU UUC -- G UAAUA ACA UGGUG AGUGCUAUUC AUGUGCAA AGU C UGU ACCAC UCAUGGUAAG UACACGUU UCG A CUAUAAUAUACAUCGUACACA^ -- CAU GU A UGCCG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-92-o75_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGCUAUUCAUGUGCAAGAGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-92-o75_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUUGCACAUUGGAAUGGUACUUA -60
Get sequence
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