MirGeneDB ID | Cpo-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-1-P2 Cpo-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P1 Ami-Mir-1-P1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P1 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P1 Cmi-Mir-1-P1 Cpi-Mir-1-P1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P1 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P1 Gga-Mir-1-P1 Gja-Mir-1-P1 Gmo-Mir-1-P1 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P1 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P1 Mal-Mir-1-P1 Mdo-Mir-1-P1 Mml-Mir-1-P1 Mmu-Mir-1-P1 Mun-Mir-1-P1 Oan-Mir-1-P1 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P1 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P1 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o1 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P1 Sha-Mir-1-P1 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P1 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P1 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P1 Tni-Mir-1-P1 Xbo-Mir-1 Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b Xtr-Mir-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_14: 40571811-40571871 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P1) |
Mir-1-P1
scaffold_14: 40571811-40571871 [+]
UCSC
Mir-133-P1-v1 scaffold_14: 40575096-40575155 [+] UCSC Mir-133-P1-v2 scaffold_14: 40575096-40575155 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUAGCUACUUCCUAAUACCUACUCAGAGCACAUACUUCUUUAUGUACCCAUAUGAACAUACAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUUUUUGGUAGGUAACAAGCUACCUAGAGCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUAGCUACUUCCUAAU--| C C AC UGAACA ACCUACU AGAG ACAUACUUCUUUAUGU CCAUA U UGGAUGG UUUU UGUAUGAAGAAAUGUA GGUAU A AACGAGAUCCAUCGAACAA^ U A A- CGUAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-1-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0046837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUGUACCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-1-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0046838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -61
Get sequence
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