MirGeneDB ID | Cpo-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-30b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P2b Cpo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cfa-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_51: 2026508-2026567 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P1a
scaffold_51: 2020362-2020423 [+]
UCSC
Mir-30-P2a scaffold_51: 2026508-2026567 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUUCAACUUUAAACCAAGUUUCAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAAUAUAUGAAUUGGCUGGGAGGUGGGUGUUUACUUCAGCUGACUUGGAAUGUCAACCAGUUAACAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGUUCAACUUUAAACC----| UU CAU U A- GUAAUA AAG UCAGUU GUAAACA CCUAC CUCAGCU U UUC AGUCGA CAUUUGU GGGUG GGGUCGG A UACAAUUGACCAACUGUAAGG^ -- CUU - GA UUAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-30-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0046905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-30-P2a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0046906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUGGGAGGUGGGUGUUUACUUC -60
Get sequence
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