MirGeneDB ID | Dno-Mir-450-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-450 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-450b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-450-P1 Dno-Mir-450-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-450-P3 Cfa-Mir-450-P3 Cpo-Mir-450-P3 Hsa-Mir-450-P3 Mml-Mir-450-P3 Mmu-Mir-450-P3 Ocu-Mir-450-P3 Rno-Mir-450-P3a Rno-Mir-450-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH573198: 469158-469215 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-450-P3) |
Mir-15-P1c
JH573198: 462451-462509 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c JH573198: 462819-462881 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v1 JH573198: 468016-468075 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v2 JH573198: 468017-468074 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P1 JH573198: 468836-468892 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P2 JH573198: 468989-469045 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P3 JH573198: 469158-469215 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAAGUGAUAAAAGUAAGGUACAAAAUUAUUUUUGCAAUAUGUUCCUGAAUAUGUAAUAUAAGUGUAUUGGGAGCAUUUUGCAUCCAUAGUUUUGUAUCAAUAUAUGGAAAAAAGGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAAGUGAUAAAAGUAA--| UUU U UG AUAUGUAA GGUACAAAAUUAU UGCAA AUGUUCC A U CUAUGUUUUGAUA ACGUU UACGAGG U A UCGGAAAAAAGGUAUAUAA^ CCU U GU AUGUGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dno-Mir-450-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGCAAUAUGUUCCUGAAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dno-Mir-450-P3_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0047900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUGGGAGCAUUUUGCAUCCAU -58
Get sequence
|