MirGeneDB ID | Dno-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-542-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cpo-Mir-542 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Mml-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH573198: 468016-468075 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v1) |
Mir-15-P1c
JH573198: 462451-462509 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2c JH573198: 462819-462881 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v1 JH573198: 468016-468075 [+] UCSC Ensembl Mir-542-v2 JH573198: 468017-468074 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P1 JH573198: 468836-468892 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P2 JH573198: 468989-469045 [+] UCSC Ensembl Mir-450-P3 JH573198: 469158-469215 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGCUCAAGAAGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGAGAGCCACUCACCUUCAUAGCAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCUCAAGAAGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCC CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG A GAGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UUACGAUACUUCCACUCACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dno-Mir-542-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dno-Mir-542-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -60
Get sequence
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