MirGeneDB ID | Dya-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-306 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-306 Bge-Mir-306 Dan-Mir-306 Dme-Mir-306 Dmo-Mir-306 Dsi-Mir-306 Hme-Mir-306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
2R: 4404575-4404633 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-306) |
Mir-9-P13
2R: 4404254-4404316 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-9-P12-v1 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2R: 4404435-4404497 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P11 2R: 4405087-4405156 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGAAAAGUUUUAAAGUCCACUCGGUGGCUCAGGUACUUAGUGACUCUCAAUGCUUUUGACAUUUUGGGGGUCACUCUGUGCCUGUGCUGCCAGUAGGACAUAAUCCACAAAUAAAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUGAAAAGUUUUAAAG-- -| C UG U UU UGCUUU UCC ACU GG GC CAGGUAC AGUGACUCUCAA \ AGG UGA CC CG GUCCGUG UCACUGGGGGUU U UGAAAUAAACACCUAAUAC A^ - GU U UC UUACAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dya-Mir-306_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGGUACUUAGUGACUCUCAA -22
Get sequence
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Star sequence | Dya-Mir-306_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGGGGUCACUCUGUGCCUGUGC -59
Get sequence
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