MirGeneDB ID | Ete-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-92-P1a Ete-Mir-92-P1d Ete-Mir-92-P2a Ete-Mir-92-P2c Ete-Mir-92-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-92-P1c Ami-Mir-92-P1c Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1c Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1c Cli-Mir-92-P1c Cmi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1c Cpo-Mir-92-P1c Dno-Mir-92-P1c Esc-Mir-92 Gga-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1c Hsa-Mir-92-P1c Isc-Mir-92 Mdo-Mir-92-P1c Mml-Mir-92-P1c Mmu-Mir-92-P1c Mun-Mir-92-P1c Oan-Mir-92-P1c Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1c Pbv-Mir-92-P1c Rno-Mir-92-P1c Sha-Mir-92-P1c Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1c Sto-Mir-92-P1c Tgu-Mir-92-P1c Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xtr-Mir-92-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980394: 1010699-1010759 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCCCCAGUGUUCCUACUCAUUCAUCCCUGGGUGGGGAUUGGGUGCAUUACUUGUGUCCUGUGUGAAGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUGGAAGAAAGGAGGAUCGUAUCUUCUUUUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCCCCAGUGUUCCUA- A-| A C G U U UGUGUC CUC UUC UCC UGGGU GGGAU GGGUGCA UACU C GAG AAG AGG GUCCG CCCUG UUCACGU AUGA U CAUUUUCUUCUAUGCUAG GA^ A U G - U AGUGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ete-Mir-92-P1c_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUGGGGAUUGGGUGCAUUACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Ete-Mir-92-P1c_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -61
Get sequence
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