MirGeneDB ID | Ete-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ete-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4c Ete-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-17-P1c Ami-Mir-17-P1c Bta-Mir-17-P1c Cfa-Mir-17-P1c Cli-Mir-17-P1c Cmi-Mir-17-P1c Cpi-Mir-17-P1c Cpo-Mir-17-P1c Dno-Mir-17-P1c Gga-Mir-17-P1c Gja-Mir-17-P1c Hsa-Mir-17-P1c Lch-Mir-17-P1c Loc-Mir-17-P1c Mdo-Mir-17-P1c Mml-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1c Mun-Mir-17-P1c Oan-Mir-17-P1c Ocu-Mir-17-P1c Pbv-Mir-17-P1c Rno-Mir-17-P1c Sha-Mir-17-P1c Spt-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P1c Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xtr-Mir-17-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980394: 1010060-1010118 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGGCUAGAGGAUUGAGCCUUGGCCAUGUAAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGCUUCUGGAGGUCUACUGCAAUGCAAGCACUUCUUACAUUACCAUGGUGAUUUAAUCAAUGACGCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGGCUAGAGGAUUGA-- U CC -| A G G CUUCU GCC UGG AUGUAA AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ UGG ACC UACAUU UUCACGAA GU ACGUC AUC G UCCGCAGUAACUAAUUUAG U AU C^ C A - UGGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ete-Mir-17-P1c_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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Star sequence | Ete-Mir-17-P1c_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACUGCAAUGCAAGCACUUCUUAC -59
Get sequence
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