| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-203-v2 Ami-Mir-203-v2 Bta-Mir-203-v2 Cfa-Mir-203-v2 Cpi-Mir-203-v2 Cpo-Mir-203-v2 Dno-Mir-203-v2 Ete-Mir-203-v2 Gga-Mir-203-v2 Gja-Mir-203-v2 Hsa-Mir-203-v2 Lch-Mir-203 Loc-Mir-203-v2 Mdo-Mir-203-v2 Mml-Mir-203-v2 Mun-Mir-203-v2 Oan-Mir-203-v2 Ocu-Mir-203-v2 Pbv-Mir-203-v2 Rno-Mir-203-v2 Sha-Mir-203-v2 Spt-Mir-203 Sto-Mir-203-v2 Tgu-Mir-203-v2 Xtr-Mir-203-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-3073-as
chr12: 112109250-112109309 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-3073 chr12: 112109252-112109311 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v1 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl Mir-203-v2 chr12: 112130889-112130948 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAACUUCUGUGUGCAGGCGCGCCUGGUCCAGUGGUUCUUGACAGUUCAACAGUUCUGUAGCACAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUAGACCCGGCGCGCACGGCGGCGACGACAGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAACUUCUGUGUGCAG--| U C U G A GUUCUGU GCGCGCC GGUC AGUGGUUCU GACA UUCA CA \ CGCGCGG CCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU A GACGACAGCAGCGGCGGCA^ C A U A - UAACACG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004547 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUGACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004547 TargetScanVert: mmu-miR-203-5p miRDB: MIMAT0004547 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUAG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000236 TargetScanVert: mmu-miR-203-3p.1 miRDB: MIMAT0000236 |
